De två kritiserade förslagen är artikel 11, som ibland kallas för “länkskatten” , och artikel 13, ibland kallad för ett “innehållsfilter” eller "uppladdningsfilter". De är egentligen delar av en större förändring av upphovsrätten, men har kommit att uppmärksammats efter kritik från tunga internetprofiler.
Vi har gått igenom kritiken mot de två delarna som de såg ut inför den första omröstningen här.
EU-parlamentet valde till slut också att rösta igenom hela upphovsrättsdirektivet med rösterna 438 mot 226. Samtidigt som 39 valde att avstå från att rösta.
Inför den här omröstningen hade förslag om förändringar till de två delarna i upphovsrätten lämnats in. I bägge fallen var det den konservativa gruppen EPP:s förslag som röstades igenom.
I den gruppen sitter både Moderaterna och Kristdemokraterna. Två av de moderata ledamöterna har meddelat på Twitter att de röstade emot gruppens förslag.
Moderata ledamoten Christofer Fjellner skriver på twitter:
"Gick åt helvete i omröstningen om copyright. Såväl det som kallats "länkskatt" som "uppladdningsfilter" gick igenom. Motståndet för splittrat. Nu laddar vi om för förhandlingarna med medlemsstaterna. Kanske kan en ny regering i Sverige hjälpa till istället för att stjälpa."
Även Miljöpartiets ledamot Max Andersson och Centerpartiets Fredrick Federley är kritiska till resultatet av omröstningen på Twitter.
"En riktigt dålig dag för internet. Upphovsrättslobbyn vann det här slaget och länkavgifter och uppladdningsfilter är att vänta", skriver Max Andersson.
Syftet med förslagen är att öka rättigheterna och skydda material från exempelvis nyhetsmedier och skivbolag. Det ska stärka aktörerna gentemot techjättar som Google och Facebook.
Förslagen har samtidigt kritiserats för att vara svåra att följa utan att det får stora följder för företag och användare på internet. En del i kritiken mot artikel 13 är att den inte kommer att kunna efterlevas utan att sajter installerar filter som läser av allt material. De är också oroliga för att filtret inte kommer att kunna skilja på sådant som bryter mott upphovsrätten och lagligt användande i exempelvis satir.
Det som av kritiker kallats för "länkskatt" är i själva verket en slags licensavgift. Den ska ge medier ersättning från kommersiella aktörer som visar upp delar från en nyhet. Det kan exempelvis vara en nyhetspuff med bild, rubrik och ingress som visas under en Google-sökning.
Fredrick Federley skriver i ett sms till Breakit att han är orolig för internets framtid.
"Det här är verkligen ett dåligt resultat som kan komma att betyda döden för internet som vi vet det idag. I princip alla de ändringsförslag som vi försökt få igenom föll och jag röstade emot förslaget."
Förslaget går nu vidare till trilogsamtal mellan EU-parlamentet, EU-kommissionen och Europeiska unionens råd. Därefter kommer det att ske ytterligare en omröstning, någon gång under nästa vår.